赤潮发生的主要原因是坏境污染。工业、生活污水大量排放，流入海洋，就会使海洋中微量元素及一些有机化合物含量迅速上升，营养过多，导致海洋藻类鞭毛虫等浮游生物迅速繁殖。这种爆炸性繁殖致使这些"赤潮生物"大量死亡，"染"红了海水。这就是赤潮。